پرایمر(primer)
پرایمر(primer) رشته ی کوتاهی از RNA و یا DNA که معمولا از 18 تا 22 باز تشکیل شده است که نقطه آغاز سنتز DNA است.
پرایمر عضو ضروری در فرآیند همانندسازی DNA محسوب میشود زیرا آنزیم های کاتالیز کننده ین فرآیندها یعنی DNA polymerase تنها قادر هستند نوکلئوتیدها را به یک رشته موجود از جنس دی‌ان‌ای اضافه کنند. پلیمراز رونویسی را از انتهای ‘۳ پرایمر آغاز کرده و شروع به کپی کردن رشته مقابل می‌کند.
از طرف دیگر بسیاری از تکنیک‌های آزمایشگاهی که نیازمند DNA polymerase هستند، از پرایمرهای DNA استفاده می‌کنند چرا که پرایمرهای DNA مقاومت دمایی بیشتری دارند. از جمله این تکنیک‌ها می‌توان به توالی‌یابیDNA (DNA sequencing) و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (polymerase chain reaction) اشاره کرد.
در آزمایشات، استفاده از پرایمری که دمای ذوبش (Tm) به دمای اتصال آن به رشته نزدیک باشد، حائز اهمیت است. یک پرایمر که دمای ذوب آن به‌طور معنا‌داری بالاتر از دمای واکنش اتصال (annealing) است، ممکن است به محل نادرست متصل شده و توالی اشتباه را رونویسی کند. در حالیکه اگر دمای ذوب پرایمر به‌طور معنا‌دار کمتر از دمای اتصال رشته باشد، ممکن است نتواند به مکان مورد نظر بچسبد و قطعه تکثیر نشود. این پرایمرها معمولاً الیگونوکلئوتیدهایی کوتاه هستند که به روش شیمیایی سنتز شده‌اند و طولی در حدود ۲۰ بازدارند. آن‌ها به DNAی هدف متصل می‌شوند. پس از آن فرایند نسخه برداری توسط پلیمراز انجام میشود.
طراحی پرایمر برای PCR
به منظور این که مرحله اتصال پرایمرها (annealing) طی فرایند PCR به درستی اتفاق بیفتد نیاز است تا هر دو پرایمر (forward) و (reverse) دمای ذوب مشابه ای را داشته باشند. توالی پرایمرها باید منحصر به فرد بوده و دربردارنده قطعه DNAی مورد نظر باشند. همچنین باید تا حد ممکن امکان اتصال اشتباه به توالی‌های مشابه وجود نداشته باشد. یک روش متداول که به منظور طراحی پرایمر به کار می‌رود بلاست (BLAST) است. در این روش همه نواحی که امکان اتصال پرایمر به آن‌ها وجود دارد، قابل مشاهده است.