الکتروفورز روشی است که برای جدا کردن قطعات DNA (یا ماکرومولکول های دیگر مانند RNA و پروتئین) بر اساس اندازه و بار الکتریکی آنها استفاده می شود. روش الکتروفورز با ایجاد جریان الکتریکی که از ژل می گذرد موجب حرکت مولکول های مورد نظر – بر اساس اندازه و بار – در جهات مختلف یا با سرعت های متفاوتمی شود و به این ترتیب، مولکول ها از یکدیگر جدا می شوند.
تمام مولکولهای DNA، بر اساس جرم دارای مقدار یکسانی از بار الکتریکی هستند. به همین دلیل، الکتروفورز، قطعات DNA را تنها براساس اندازه آنها جدا می کند. با استفاده از الکتروفورز، می توانیم قطعات مختلف DNA در یک نمونه را مشاهده کنیم و به صورت نسبی، اندازه آنها را مقایسه نماییم. همچنین می توانیم اندازه دقیق یک قطعه DNA را با مقایسه کردن آن در کنار یک معیار استاندارد که از قطعات DNA با اندازه های شناخته شده ساخته شده است، بدست آوریم. به این معیار استاندارد Ladder می گویند.

ژل الکتروفورز:

فرآیند الکتروفورز نیازمند ژل می باشد. ژل جداسازی دی ان ای، اغلب از پلی ساکاریدی به نام آگاروز ساخته می شود که به صورت دانه های خشک و پودری قابل دسترس می باشد. هنگامی که آگارز در یک بافر (ترکیب آب با مقدار کمی نمک) گرم شده و سپس خنک می شود، یک ژل جامد و نیمه شفاف تشکیل می دهد. در سطح مولکولی، ساختار ژل یک به صورت یک شبکه از مولکولهای آگاروز است که توسط پیوندهای هیدروژنی به یکدیگر متصل شده و منافذی کوچک را تشکیل داده اند.
در یک سمت، ژل دارای حفره هایی به شکل جیب، به نام چاهک است که نمونه های DNA در آن قرار می گیرند.

تانک الکتروفورز:

قبل از قرار دادن نمونه DNA در چاهک، ژل باید در یک تانک الکتروفورز قرار گیرد. یک انتهای تانک به یک الکترود مثبت وصل شده است، در حالی که انتهای دیگر به الکترود منفی متصل گردیده است. قسمت اصلی تانک الکتروفورز، جایی است که ژل در آن قرار داده می شود و با یک محلول بافر (که حاوی نمک برای انتقال جریان الکتریکی است) پر می شود. الکترود منفی سمت چاهک ها و الکترود مثبت سمت مقابل ژل قرار می گیرند.سپس دی ان ای مورد نظر که می تواند خروجی PCR باشد را در یکی از چاهک ها قرار داده و همیشه یکی از چاهک ها را برای Ladder که به عنوان مرجع و حاوی دی ان ای با اندازه های شناخته شده است در نظر می گیریم. سپس دستگاه تانک الکتروفورز را روشن کرده و در اثر اعمال ولتاژ، جریان الکتریکی در بافر برقرار می شود. قطعات دی ان ای که به دلیل دارا بودن گروه فسفات دارای بار منفی هستند از درون ساختار شبکه ای ژل، شروع به حرکت به سمت قطب مثبت کرده و در این وضعیت به اصطلاح ژل در حال Run می باشد.

پس از پایان فرآیند الکتروفورز و Run شدن ژل، قطعات DNA بر اساس اندازه جدا می شوند. قطعات بلند تر نزدیک تر به چاهک (الکترود منفی و یا به عبارتی ابتدای ژل) و قطعات کوچکتر نزدیک بیشتر حرکت کرده و به انتهای ژل (الکترود مثبت) نزدیک تر خواهند شد.

پس از پایان اجرای الکتروفورز و Run شدن ژل، قطعات تفکیک شده دی ان ای را می توان در ژل با استفاده از سیستم های ژلداک مشاهده و به صورت بصری به لحاظ کیفی بررسی کرد. همچنین با استفاده از نرم افزار های تحلیل تصویر ثبت شده از ژل مانند GeneTools این امکان وجود خواهد داشت تا به صورت کمی و با دقت بالا تحلیل مورد نظر بر روی تصویر ژل الکتروفورز انجام شود.

یک مجموعه دی ان ای که به شکل خطی در تصویر ژل کاملا از سایر مجموعه ها تفکیک شده اند را باند می نامند. هر باند شامل مقادیر زیادی از قطعات دی ان ای با اندازه ی یکسان می باشد. باند ها در مسیر هایی که به آنها Lane و یا Track گفته می شود در راستای الکترود منفی به سمت الکترود مثبت قرار می گیرند. به این نکته توجه داشته باشید که باند ها به خودی خود بر روی ژل قابل رویت نخواهند بود و با استفاده از رنگ های مختلف می توانند رنگ آمیزی شده و بر اساس رنگ بکار رفته، با استفاده از منبع نور مناسب (که می تواند UV و یا هر طول موج دیگری مانند IR، Red، Green و یا Blue باشد) تحریک شده و با فیلتر شدن نور ساطع شده، توسط دستگاه های ژلداک تصویر باند ها ثبت خواهد شد.